首页IT科技win10怎么安装显卡驱动教程(在windows下安装nnUnet,并制作数据集以及运行(让隔壁奶奶也能学会的教程))

win10怎么安装显卡驱动教程(在windows下安装nnUnet,并制作数据集以及运行(让隔壁奶奶也能学会的教程))

时间2025-04-30 15:42:50分类IT科技浏览4524
导读:1.前言 nnUnet原代码是在Linux下运行,如果现在windows下安装的话,会报各种错误,得改很多的地方,所以可以直接下载nnUnet_windows文件,这是我已经在windows上成功编译的版本,只要安装成功就可以直接运行。该链接中还包含apex安装包以及制作自己数据格式的代码...

1.前言

nnUnet原代码是在Linux下运行              ,如果现在windows下安装的话                  ,会报各种错误       ,得改很多的地方           ,所以可以直接下载nnUnet_windows文件                  ,这是我已经在windows上成功编译的版本          ,只要安装成功就可以直接运行              。该链接中还包含apex安装包以及制作自己数据格式的代码                  。

nnUnet的版本是2021/7月更新的       。

2.安装虚拟环境与Pytorch

最好要安装虚拟环境        ,否则要是把python环境安装坏了                   ,那就麻烦了           。

1.在命令行输入一下代码             ,其中nnUnet是虚拟环境名称    ,选择的python3.7版本 conda create -n nnUnet python=3.7

2.激活虚拟环境输入

activate nnUnet

如果退出虚拟环境使用命令deactivate

3.安装Pytorch                    ,我选的是最新的版本pytorch1.9.0                ,cuda版本为10.2,这个就不详细叙说了                 ,网上有很多教程                  。

3.安装apex

在上面给的链接中 有apex安装包                   ,或者你可以在官网上下载apex

然后cd 到apex文件下目录    ,输入命令 pip install -v --no-cache-dir --global-option="–cpp_ext" --global-option="–cuda_ext" ./

如果这个命令报错的话就换下面命令试试

python setup.py install

这里我盗用一下网上的截图              ,因为我忘了截图了                  ,如果是success则表示安装成功          。有别的教程说要按照hiddenlayer       ,我还没有安装           ,反正没有出现问题                  ,出现问题再说        。如果想安装的先安装git          ,conda install git                   。然后以下输入命令

pip install --upgrade git+https://github.com/nanohanno/hiddenlayer.git@bugfix/get_trace_graph#egg=hiddenlayer

4.安装nnUnet

你可以下载我上面提供的代码        ,你也可以下载nnUnet官方代码                   ,但是在windows下需要改很多地方             。

cd 到nnUnet文件目录             ,输入命令    ,别丢了一个"."                    ,否则你无法安装    。 pip install -e .

如果没有报错的话                ,恭喜你安装成功,如果报错的话                 ,建议你在官网下载最新的代码                   ,然后升级到最新的python库以及pytorch版本                    。

5.运行nnUnet

如果你是第一次使用nnUnet的话    ,建议你先下载官方数据集跑一遍              ,如果成功的话                  ,在制作自己的数据集                。

1.创建文件夹

在nnUnet文件目录下创建Dataset文件夹       ,当然你也可以在其他地方创建其他名字。

下面创建的文件夹一定要一样           ,在Dataset文件夹下创建三分文件夹                  ,如下图所示          ,其中nnUnet_preprocessed用于预处理后的数据        ,nnUnet_raw用于存储原数据和裁剪的数据                   ,nnUnet_trained_models用于存储训练模型与日志                 。

然后在nnUnet_raw文件夹下载创建如下两个文件夹             ,nnUnet_cropped_data用于存放预处理数据    , nnUNet_raw_data用于存放原数据                   。

设置文件路径                    ,我从官网下载的是Task08_HepaticVessel数据集                ,随便找一个地方解压    。

关键地方来了,这是所有教程没有提到的地方

在linux下要将上面创建的文件添加到系统环境中                 ,但是在windows下没法操作                   ,所以在nnUnet文件夹下找到paths.py文件    ,然后修改一下三处              ,注释掉红色框出来的地方                  ,然后换成黄色框出来的地方       ,文件目录对应你自己的路径              。注意:文件路径千万不要写成“//              ”           ,就像我下面写的那样就行                  。否则你会遇到各种错误                  ,这就是windows一直报错的最大原因       。

3.转换数据格式          ,使用以下命令

nnUNet_convert_decathlon_task -i D:\Task08_HepaticVessel\Task08_HepaticVessel

上面是我的路径        ,你可以换成自己的路径                   ,但我不建议在命令行中运行代码             ,否则报错的话就很难查到原因    ,所以可以用下面的方式运行           。下面又是干货                  。

在nnunet\experiment_planning文件夹下找到nnUNet_convert_decathlon_task.py                    ,打开pycharm                ,然后点击图中地方

在红色框中输入-i D:\Task08_HepaticVessel\Task08_HepaticVessel,然后运行即可                 ,这样报错的话                   ,你可以慢慢调试    ,寻找错误的地方          。

如果运行成功的话              ,你会在nnUNet_raw_data文件夹下得到如下文件与数据        。imagesTr存放的是训练数据                  ,imagesTs是存放测试数据       ,labelsTr存放的是训练数据的标签           , dataset.json是对数据的说明                  ,和存放数据地址                   。

4.对数据进行预处理          ,同样不建议使用命令行代码运行        ,在相同目录下找到nnUNet_plan_and_preprocess.py文件                   ,输入参数 -t 8

其中8对应数据的Id             ,如果是下载我编译好的代码的话    ,可以直接运行                    ,如果下载的官方的代码                ,你会在这遇到一堆问题             。

当然你可能还会遇到一个问题,就是电脑cpu内存不够                 ,我电脑的配置是32g内存依然不够                   ,所以我在裁剪数据的时候    ,只挑选了其中一部分数据集    。

如果运行没报错的话              ,你会在nnUnet_preprocessed文件夹下生成如下的文件夹以及数据

5.开始训练

如果前面一切顺利的话                  ,后面就可以直接运行了在命令行中输入

nnUNet_train 3d_fullres nnUNetTrainerV2 8 4       ,

如果你想调试的话           ,但是你会发现找不到nnUNet_train文件                  ,这是集成好的nnUNet_train.exe          ,位置在你安装虚拟环境中                    。所以换一个文件运行                。

在文件夹nnunet\run下找到run_training.py        ,输入参数                   ,3d_fullres nnUNetTrainerV2 8 4。其中8代表你的任务ID             ,4代表五折交叉验证(0代表一折)                 。

运行成功后你会在如下文件路径中得到训练的日志以及模型                   。如果少一个文件的话都有可能代表你运行失败    ,会影响后面的推理    。

6.推理

在windows下使用多线程用的是

训练完成后                    ,找到imagesTs路径                ,就是上面制作数据集的路径,然后输入命令pathos库                 ,所以可能需要安装                   ,输入命令 pip install pathos

然后推理的时候输入命令

nnUNet_predict -i F:\nnUNet_windows\DataSet\nnUnet_raw\nnUNet_raw_data\Task008_HepaticVessel\imagesTs -o F:\nnUNet_windows\DataSet\nnUnet_raw\nnUNet_raw_data\Task008_HepaticVessel\imagesTs_infer -t 8 -m 3d_fullres -f 4

其中-i 参数的是输入路径    ,-o 参数是输出路径              。

如果你想调试的话              ,在inference文件夹中找到predict_simple.py文件                  ,然后输入参数就可以调试了                  。

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