首页IT科技win10怎么安装显卡驱动教程(在windows下安装nnUnet,并制作数据集以及运行(让隔壁奶奶也能学会的教程))

win10怎么安装显卡驱动教程(在windows下安装nnUnet,并制作数据集以及运行(让隔壁奶奶也能学会的教程))

时间2025-08-03 05:53:51分类IT科技浏览6349
导读:1.前言 nnUnet原代码是在Linux下运行,如果现在windows下安装的话,会报各种错误,得改很多的地方,所以可以直接下载nnUnet_windows文件,这是我已经在windows上成功编译的版本,只要安装成功就可以直接运行。该链接中还包含apex安装包以及制作自己数据格式的代码...

1.前言

nnUnet原代码是在Linux下运行                  ,如果现在windows下安装的话                        ,会报各种错误         ,得改很多的地方              ,所以可以直接下载nnUnet_windows文件                        ,这是我已经在windows上成功编译的版本             ,只要安装成功就可以直接运行                  。该链接中还包含apex安装包以及制作自己数据格式的代码                        。

nnUnet的版本是2021/7月更新的         。

2.安装虚拟环境与Pytorch

最好要安装虚拟环境          ,否则要是把python环境安装坏了                         ,那就麻烦了              。

1.在命令行输入一下代码                 ,其中nnUnet是虚拟环境名称     ,选择的python3.7版本 conda create -n nnUnet python=3.7

2.激活虚拟环境输入

activate nnUnet

如果退出虚拟环境使用命令deactivate

3.安装Pytorch                          ,我选的是最新的版本pytorch1.9.0                     ,cuda版本为10.2,这个就不详细叙说了                      ,网上有很多教程                        。

3.安装apex

在上面给的链接中 有apex安装包                         ,或者你可以在官网上下载apex

然后cd 到apex文件下目录     ,输入命令 pip install -v --no-cache-dir --global-option="–cpp_ext" --global-option="–cuda_ext" ./

如果这个命令报错的话就换下面命令试试

python setup.py install

这里我盗用一下网上的截图                  ,因为我忘了截图了                        ,如果是success则表示安装成功             。有别的教程说要按照hiddenlayer         ,我还没有安装              ,反正没有出现问题                        ,出现问题再说          。如果想安装的先安装git             ,conda install git                         。然后以下输入命令

pip install --upgrade git+https://github.com/nanohanno/hiddenlayer.git@bugfix/get_trace_graph#egg=hiddenlayer

4.安装nnUnet

你可以下载我上面提供的代码          ,你也可以下载nnUnet官方代码                         ,但是在windows下需要改很多地方                 。

cd 到nnUnet文件目录                 ,输入命令     ,别丢了一个"."                          ,否则你无法安装     。 pip install -e .

如果没有报错的话                     ,恭喜你安装成功,如果报错的话                      ,建议你在官网下载最新的代码                         ,然后升级到最新的python库以及pytorch版本                          。

5.运行nnUnet

如果你是第一次使用nnUnet的话     ,建议你先下载官方数据集跑一遍                  ,如果成功的话                        ,在制作自己的数据集                     。

1.创建文件夹

在nnUnet文件目录下创建Dataset文件夹         ,当然你也可以在其他地方创建其他名字。

下面创建的文件夹一定要一样              ,在Dataset文件夹下创建三分文件夹                        ,如下图所示             ,其中nnUnet_preprocessed用于预处理后的数据          ,nnUnet_raw用于存储原数据和裁剪的数据                         ,nnUnet_trained_models用于存储训练模型与日志                      。

然后在nnUnet_raw文件夹下载创建如下两个文件夹                 ,nnUnet_cropped_data用于存放预处理数据     , nnUNet_raw_data用于存放原数据                         。

设置文件路径                          ,我从官网下载的是Task08_HepaticVessel数据集                     ,随便找一个地方解压     。

关键地方来了,这是所有教程没有提到的地方

在linux下要将上面创建的文件添加到系统环境中                      ,但是在windows下没法操作                         ,所以在nnUnet文件夹下找到paths.py文件     ,然后修改一下三处                  ,注释掉红色框出来的地方                        ,然后换成黄色框出来的地方         ,文件目录对应你自己的路径                  。注意:文件路径千万不要写成“//                  ”              ,就像我下面写的那样就行                        。否则你会遇到各种错误                        ,这就是windows一直报错的最大原因         。

3.转换数据格式             ,使用以下命令

nnUNet_convert_decathlon_task -i D:\Task08_HepaticVessel\Task08_HepaticVessel

上面是我的路径          ,你可以换成自己的路径                         ,但我不建议在命令行中运行代码                 ,否则报错的话就很难查到原因     ,所以可以用下面的方式运行              。下面又是干货                        。

在nnunet\experiment_planning文件夹下找到nnUNet_convert_decathlon_task.py                          ,打开pycharm                     ,然后点击图中地方

在红色框中输入-i D:\Task08_HepaticVessel\Task08_HepaticVessel,然后运行即可                      ,这样报错的话                         ,你可以慢慢调试     ,寻找错误的地方             。

如果运行成功的话                  ,你会在nnUNet_raw_data文件夹下得到如下文件与数据          。imagesTr存放的是训练数据                        ,imagesTs是存放测试数据         ,labelsTr存放的是训练数据的标签              , dataset.json是对数据的说明                        ,和存放数据地址                         。

4.对数据进行预处理             ,同样不建议使用命令行代码运行          ,在相同目录下找到nnUNet_plan_and_preprocess.py文件                         ,输入参数 -t 8

其中8对应数据的Id                 ,如果是下载我编译好的代码的话     ,可以直接运行                          ,如果下载的官方的代码                     ,你会在这遇到一堆问题                 。

当然你可能还会遇到一个问题,就是电脑cpu内存不够                      ,我电脑的配置是32g内存依然不够                         ,所以我在裁剪数据的时候     ,只挑选了其中一部分数据集     。

如果运行没报错的话                  ,你会在nnUnet_preprocessed文件夹下生成如下的文件夹以及数据

5.开始训练

如果前面一切顺利的话                        ,后面就可以直接运行了在命令行中输入

nnUNet_train 3d_fullres nnUNetTrainerV2 8 4         ,

如果你想调试的话              ,但是你会发现找不到nnUNet_train文件                        ,这是集成好的nnUNet_train.exe             ,位置在你安装虚拟环境中                          。所以换一个文件运行                     。

在文件夹nnunet\run下找到run_training.py          ,输入参数                         ,3d_fullres nnUNetTrainerV2 8 4。其中8代表你的任务ID                 ,4代表五折交叉验证(0代表一折)                      。

运行成功后你会在如下文件路径中得到训练的日志以及模型                         。如果少一个文件的话都有可能代表你运行失败     ,会影响后面的推理     。

6.推理

在windows下使用多线程用的是

训练完成后                          ,找到imagesTs路径                     ,就是上面制作数据集的路径,然后输入命令pathos库                      ,所以可能需要安装                         ,输入命令 pip install pathos

然后推理的时候输入命令

nnUNet_predict -i F:\nnUNet_windows\DataSet\nnUnet_raw\nnUNet_raw_data\Task008_HepaticVessel\imagesTs -o F:\nnUNet_windows\DataSet\nnUnet_raw\nnUNet_raw_data\Task008_HepaticVessel\imagesTs_infer -t 8 -m 3d_fullres -f 4

其中-i 参数的是输入路径     ,-o 参数是输出路径                  。

如果你想调试的话                  ,在inference文件夹中找到predict_simple.py文件                        ,然后输入参数就可以调试了                        。

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