操作系统常用的作业调度算法(【集群】Slurm作业调度系统的使用)
Slurm是一个开源 ,容错 ,高度可扩展的集群管理和作业调度系统 ,适用于大型和小型Linux集群 。Slurm不需要对其操作进行内核修改 ,并且相对独立 。作为集群工作负载管理器 ,Slurm有三个关键功能 。
1 它在一段时间内为用户分配对资源(计算节点)的独占和/或非独占访问 ,以便他们可以执行工作 。
2 它提供了一个框架 ,用于在分配的节点集上启动 ,执行和监视工作(通常是并行作业) 。
3 它通过管理待处理工作的队列来仲裁资源争用 。 相关的名词1 资源(Resource)
作业运行过程中使用的可量化实体都是资源;
包括硬件资源(节点 、内存 、CPU 、GPU等)和软件资源( License )2 集群(Cluster)
包含计算 、存储 、网络等各种资源实体且彼此联系的资源集合;
在物理上 ,一般由计算处理 、互联通信 、I/O 存储 、操作系统 、编译器 、运行环境 、开发工具等多个软硬件子系统组成;
节点是集群的基本组成单位 ,从角色上一般可以划分为管理节点 、登陆节点、计算节点 、存储节点等 。一般用户接触到的有管理节点和计算节点,登录和存储节点一般用户不可直接接触 。3 作业(Job)
物理构成 ,一组关联的资源分配请求 ,以及一组关联的处理过程;
交互方式,可以分为交互式作业和非交互式作业;
资源使用 ,可以分为串行作业和并行作业;4 分区(Partition)
带名称的作业容器;
用户访问控制;
资源使用限制;5 作业调度系统(Job Schedule System)
负责监控和管理集群中资源和作业的软件系统;
通常由资源管理器 、调度器、任务执行器 ,以及用户命令和API组成; 调度系统主要作用单一系统映像
解决集群结构松散问题; 统一用户接口 ,使用简化;
系统资源整合
管理异构资源和异构系统;
多任务管理
统一管理任务 ,避免冲突;
资源访问控制
基于策略的资源访问控制;
简单来讲 ,调度系统是面向集群的操作系统 。
Slurm三种模式1 批处理作业(采用sbatch命令提交 ,最常用方式)
对于批处理作业(提交后立即返回该命令行终端 ,用户可进行其它操作)使用sbatch命令提交作业脚本 ,作业被调度运行后 ,在所分配的首个节点上执行作业脚本 。在作业脚本中也可使用srun命令加载作业任务。提交时采用的命令行终端终止 ,也不影响作业运行 。
2 交互式作业提交(采用srun命令提交)
资源分配与任务加载两步均通过srun命令进行:当在登录shell中执行srun命令时 ,srun首先向系统提交作业请求并等待资源分配 ,然后在所分配的节点上加载作业任务 。采用该模式,用户在该终端需等待任务结束才能继续其它操作 ,在作业结束前 ,如果提交时的命令行终端断开,则任务终止。一般用于短时间小作业测试 。这种方式类似于正常的通过命令行运行程序 。需要一直保持连接状态
3 实时分配模式作业(采用salloc命令提交)
分配作业模式类似于交互式作业模式和批处理作业模式的融合 。用户需指定所需要的资源条件 ,向资源管理器提出作业的资源分配请求 。提交后 ,作业处于排队 ,当用户请求资源被满足时 ,将在用户提交作业的节点上执行用户所指定的命令 ,指定的命令执行结束后 ,运行结束 ,用户申请的资源被释放 。在作业结束前 ,如果提交时的命令行终端断开 ,则任务终止 。典型用途是分配资源并启动一个shell ,然后在这个shell中利用srun运行并行作业 。
注
(1)salloc后面如果没有跟定相应的脚本或可执行文件 ,则默认选择/bin/sh ,用户获得了一个合适环境变量的shell环境 。
(2)salloc和sbatch最主要的区别是salloc命令资源请求被满足时,直接在提交作业的节点执行相应任务 ,而sbatch则当资源请求被满足时 ,在分配的第一个节点上执行相应任务 。
(3)salloc在分配资源后,再执行相应的任务 ,很适合需要指定运行节点和其它资源限制 ,并有特定命令的作业 。 常用命令sbatch:提交作业脚本 。此脚本一般会包含一个或多个srun命令启动并行任务
sinfo:显示分区或节点状态 ,可以通过参数选项进行过滤 、和排序
squeue:显示队列的作业及作业状态
scancel:取消排队或运行中的作业
scontrol:显示或设定slurm作业 、分区 、节点等状态
sacctmgr:显示和设置账户关联的QOS等信息
sacct:显示历史作业信息
srun:运行并行作业 ,具有多个选项 ,如:最大和最小节点数 、处理器数 、是否
指定和排除节点 。 命令详情(1)查看分区——sinfo
(2)查询排队和运行状态的作业——squeue(3)删除作业命令——scancel
(4)控制作业命令——scontrol
常用术语user:用户名
node:泛指计算节点
core:CPU核
job:作业
job step:作业步 ,单个作业(job)可以有多个作业步
partition:分区(可理解为LSF 、PBS等作业调度系统中的队列) ,作业需在特定分区中运行 ,一般不同分区之间资源不一样
QOS:服务质量 ,可理解为用户可使用的CPU 、内存等资源限制
tasks:任务数 ,默认一个任务使用一个CPU核 ,可理解为作业所需的CPU核数
socket:CPU插槽 ,可理解为物理CPU颗数
stdout:标准输出文件,程序运行正常时输出信息的文件 ,一般指输出到屏幕的信息
stderr:标准错误文件 ,程序运行出错时输出信息的文件,一般指输出到屏幕的信息 常用环境变量 SLURM_NODELIST 当前作业被分配的节点列表 SLURM_JOB_NODELIST 当前作业被分配的节点列表 SLURM_JOB_NAME 当前作业的作业名称 SLURMD_NODENAME 当前作业执行任务的主机名 SLURM_NODE_ALIASES 当前作业执行节点的主机别名 SLURM_ARRAY_JOB_ID 当前组数作业的ID号码 SLURM_ARRAY_TASK_ID 当前数组作业的任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_COUNT 当前数组作业的任务总数 SLURM_ARRAY_TASK_MAX 当前数组作业的最大任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_MIN 当前数组作业的最小任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_STEP 当前数组作业任务ID号增长步长 SLURM_NNODES 当前作业使用的节点数目 SLURM_JOBID 当前作业ID号 SLURM_JOB_ID 当前作业ID号 SLURM_TASKS_PER_NODE 当前作业每个节点任务数 SLURM_JOB_USER 当前作业执行用户 SLURM_JOB_UID 当前作业实行用户的UID SLURM_NODEID 当前作业执行时主机编号(每个任务从0开始) SLURM_SUBMIT_DIR 当前作业提交时所在目录 SLURM_TASK_PID 当前任务执行时的进程号 SLURM_CPUS_ON_NODE 当前作业执行时做个节点使用的cpu数目 SLURM_PROCID 当前作业执行时CPU的号码 SLURM_LOCALID 当前作业节点上的本地任务的ID号 SLURM_JOB_GID 当前作业执行用户的GID SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE 当前作业执行时每节点使用的CPU数目 SLURM_CLUSTER_NAME 当前作业执行时所在的slurm集群名称 SLURM_GTIDS 当前作业在节点上运行时的全局任务ID号 ,以0为原点 ,逗号隔开 SLURM_SUBMIT_HOST 当前作业的提交主机名称 SLURM_JOB_PARTITION 当前作业提交时所用的partition SLURM_JOB_NUM_NODES 当前作业所用的节点总数(单位:个) SLURM_MEM_PER_NODE 当前作业每个节点使用的内存(单位:M) SLURM_MEM_PER_CPU 当前作业每个节点上的每个CPU占用的内存大小 作业提交这里记录使用 sbatch 进行作业调度
使用sbatch命令提交作业方式 ,sbatch命令在脚本正确传递给作业调度系统后立即退出 ,同时获取一个作业号。作业等所需资源满足后开始运行 ,一般脚本的格式为 .sh 或者 .script 文件 。
sbatch提交一个批处理作业脚本到调度系统 。批处理脚本名可以在命令行上通过传递给sbatch ,也可以定义在批处理脚本中 ,如果没有指定文件名 ,则sbatch从标准输入中获取脚本内容。
脚本文件基本格式:
第一行以#!/bin/bash等指定改脚本的解释程序 ,/bin/bash可以变为/bin/sh 、/bin/csh等 。
在可执行命令之前的每行“#SBATCH ”前缀后跟的参数作为作业调度系统的参数 。
默认情况下 ,标准输出和标准错误都定向到同一个文件slurm-%j.out ,“%j ”将被作业号代替 。作业脚本基本结构如下:
1 第一行是脚本语言解释器的路径 ,一般选择 bash 作为解释器 #!/bin/bash2 若干行由 #SBATCH 引导的 Slurm 设置选项,例如
#SBATCH --partition=hpxg #申请分区 `hpxg` 的计算资源 #SBATCH --nodes=1 #申请 1 个节点 #SBATCH --ntasks-per-node=1 #申请每个节点上分配一个任务(进程) #SBATCH --time=06:00:00 #计划最多运行 6 小时3 计算程序运行需要设置的环境变量 ,例如
#可以查看GPU的运行和使用情况 #nvidia-smi #which nvidia-smi #nvidia-smi conda activate environment cd /home/codeDir/4 运行程序的命令 ,例如
python mycode.py完整实例:
编辑脚本文件
vi test.sh文本内容实例
#!/bin/bash -l #SBATCH --job-name="myTest" #SBATCH --partition=Pnamw #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=1 #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --output=/home/testWorks.%j.out #SBATCH --error=/home/testWorks.%j.err #SBATCH --gpus=2 #nvidia-smi nvidia-smi which nvidia-smi nvidia-smi conda activate environment python mai.py提交运行脚本文件
sbatch test.sh 脚本常用命令 -J,--job-name 指定作业名称 -N,--nodes 节点数量 -n,--ntasks 使用的CPU核数 --mem 指定每个节点上使用的物理内存 -t,--time 运行时间,超出时间限制的作业将被终止 -p,--partition 指定分区 --reservation 执行资源预留名称 -w,--nodelist 指定特定的节点 -x,--exclude 分配给作业的节点中不要包含指定节点 --ntasks-per-node 指定每个节点使用几个CPU核心 --begin 指定作业开始时间 -D ,--chdir 指定脚本/命令的工作目录 --export-file= 通过文件filename设定环境变量 。文件中的环境变量格式为 NAME=value ,变量之间通过空格分隔 。 -o ,--output= 采用--output可以将其重定向到同一文件中 --gpus 运行程序所需GPU的数量 squeue命令结果详情结果列头信息
JOBID:作业号
PARITION:分区名
NAME:作业名
USER:用户名
ST:状态 ,常见的状态包括
NODELIST(REASON):分配给的节点名列表(原因)其中ST常见状态包括:
PD 、Q:排队中 ,PENDING R:运行中 ,RUNNING CA:已取消 ,CANCELLED CG:完成中 ,COMPLETIONG F:已失败 ,FAILED TO:超时 ,TIMEOUT NF:节点失效 ,NODE FAILURE CD:已完成 ,COMPLETEDNODELIST(REASON):分配给的节点名列表(原因)常见信息:
AssociationJobLimit:作业达到其最大允许的作业数限制 AssociationResourceLimit:作业达到其最大允许的资源限制 AssociationTimeLimit作业:作业达到时间限制 Resource:作业等待期所需资源可用 QOSJobLimit:作业的QOS达到其最大的作业数限制 QOSResourceLimit:作业的QOS达到其最大资源限制 QOSTimeLimit:作业的QOS达到其最大时间限制 PartitionNodeLimit:作业所需的节点超过所用分区当前限制 PartitionTimeLimit:作业所需的分区达到时间限制 Priority :作业所需的分区存在高等级作业或预留 NodeDown:作业所需的节点宕机 JobHeldUser:作业被用户自己挂起 InvalidQOS:作业的QOS无效
Nodes required for job are DOWN, DRAINED or reserved for jobs in higher priority partitions:作业所需的节点已关闭 、耗尽或保留给优先级较高的分区中的作业 scancel 取消任务用户使用scancel命令取消自己的作业 。命令格式如下:
scancel jobid
jobid可通过squeue获得 。对于排队作业,取消作业将简单地把作业标记为CANCELLED状态而结束作业 。对于运行中或挂起的作业 ,取消作业将终止作业的所有作业步 ,包括批处理作业脚本,将作业标记为CANCELLED状态 ,并回收分配给作业的结点 。 挂起作业scontrol hold job_list
scontrol hold job_list命令可使得排队中尚未运行的作业(设置优先级为0)暂停被分配运行 ,被挂起的作业将不被执行 ,这样可以让其他作业优先得到资源运行 。被挂起的作业在使用squeue命令查询显示时NODELIST(REASON)状态标志为JobHelduser(被用户自己挂起)或JobheldAdmin(被系统管理员挂起) ,利用scontrol release job_list 可取消挂起 。 其他常用命令1 查看节点状态
sinfo
PARRITION:节点所在分区 。
AVAIL:分区状态 ,up标识可用 ,down标识不可用。
TIMELIMIT: 程序运行最大时长 ,infinite表示不限制 ,
限制格式为days-houres:minutes:seconds 。
NODES:节点数 。
NODELIST:节点名列表。
STATE:节点状态 ,可能的状态包括
1 allocated 、alloc :已分配
2 completing 、comp:完成中
3 down:宕机
4 drained、drain:已失去活力
5 fail:失效
6 idle:空闲
7 mixed:混合 ,节点在运行作业 ,但有些空闲CPU核 ,可接受新作业
8 reserved 、resv:资源预留
9 unknown 、unk:未知原因
注意:如果状态带有后缀*,表示节点没有响应2 主要参数
-a、–all
显示全部分区信息
-d 、–dead
仅显示无响应或已宕机节点
-i
以 秒间隔持续自动更新显示信息
-I
显示详细信息
-n
显示指定 节点信息
-N
以每行一个节点方式显示信息 ,即显示各节点信息
-p
显示 分区信息
-r
仅显示响应节点信息
-R
显示不响应(down 、drained 、fail或者failing状态)节点的原因
-o
按照 格式输出信息 ,type[:[.]size],
默认为“%#P %5a %.101 %.6D %.6t %N ”
1 %all:所有字段信息 。
2 %a:分区的状态及是否可用 。
3 %A:以“allocated/idle ”格式显示状态对应的节点信息
4 %B:分区中每个节点可分配给作业的core数 。
5 %c:各节点core数 。
6 %C:以“allocated/idle/other.total ”格式显示core数 。
7 %D:节点数 。
8 %e:节点空闲内存 。
9 %E:节点无效的原因 。
10 %g:可使用此节点的用户组 。
11 %n:节点主机名 。
12 .:指明为右对齐,默认为左对齐 。
13 size:最小字段大小 ,如没有指明 ,则最大为20个字符 查看节点信息 scontorl show node [node] $: scontrol show node node4 CPUAlloc=0 CPUErr=0 CPUTot=32 CPULoad=44.09 AvailableFeatures=(null) ActiveFeatures=(null) Gres=(null) NodeAddr=node4 NodeHostName=node4 RealMemory=64000 AllocMem=0 FreeMem=72333 Sockets=32 Boards=1 State=DOWN* ThreadsPerCore=1 TmpDisk=0 Weight=1 Owner=N/A MCS_label=N/A Partitions=batch BootTime=None SlurmdStartTime=None CfgTRES=cpu=32,mem=62.50G,billing=32 AllocTRES= CapWatts=n/a CurrentWatts=0 LowestJoules=0 ConsumedJoules=0 ExtSensorsJoules=n/s ExtSensorsWatts=0 ExtSensorsTemp=n/s CPUAlloc:该节点已分配的core数量 CPUTot:该节点core总数 CPULoad:该节点负载情况 NodeHostName:该节点主机名 Partitions:该节点属于哪个分区 RealMemory:该节点内存大小 State:该节点状态值 查看分区信息 scontrol show partition $:scontrol show partition PartitionName=batch AllowGroups=ALL AllowAccounts=ALL AllowQos=ALL AllocNodes=ALL Default=YES QoS=N/A DefaultTime=NONE DisableRootJobs=NO ExclusiveUser=NO GraceTime=0 Hidden=NO MaxNodes=UNLIMITED MaxTime=UNLIMITED MinNodes=1 LLN=NO MaxCPUsPerNode=UNLIMITED Nodes=node4 PriorityJobFactor=1 PriorityTier=1 RootOnly=NO ReqResv=NO OverSubscribe=NO OverTimeLimit=NONE PreemptMode=OFF State=UP TotalCPUs=32 TotalNodes=1 SelectTypeParameters=NONE DefMemPerNode=UNLIMITED MaxMemPerNode=UNLIMITED DisableRootJobs:不允许root提交作业 Maxtime:最大运行时间 LLN:是否按最小负载节点调度 Maxnodes:最大节点数 Hidden:是否为隐藏分区 Default:是否为默认分区 OverSubscribe:是否允许超时 ExclusiveUser:排除的用户创心域SEO版权声明:以上内容作者已申请原创保护,未经允许不得转载,侵权必究!授权事宜、对本内容有异议或投诉,敬请联系网站管理员,我们将尽快回复您,谢谢合作!